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- Tateno, R., K. Fukushima, R. Fujimaki, T. Shimamura, M. Ohgi, H. Arai, N. Ohte, N. Tokuchi and T. Yoshioka. 2009. Biomass allocation and nitrogen limitation in a Cryptomeria japonica plantation chronosequence. Journal of Forest Research, 14:276–285. (DOI 10.1007/s10310-009-0135-7)
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- Yoshioka, T., K. M. G. Mostofa, E. Konohira, E. Tanoue, K. Hayakawa, M. Takahashi, S. Ueda, M. Katsuyama, T. Khodzher, N. Bashenkhaeva, I. Korovyakova, L. Sorokovikova and L. Gorbunova. 2007. Distribution and characteristics of molecular size fractions of freshwater dissolved organic matter in watershed environments: Its implication to degradation. Limnology, 8:29-44. Khan M. G.
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- Mostofa, K. M. G., T. Yoshioka, E. Konohira, E. Tanoue, K. Hayakawa and M. Takahashi. 2005. Three-dimensional fluorescence as a tool for investigating the dynamics of dissolved organic matter in the Lake Biwa watershed. Limnology, 6:101-115.
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- Yoshioka, T., S. Ueda, T. Miyajima, E. Wada, N. Yoshida, A. Sugimoto, P. Vijarnsorn and S. Boonprakub. 2002. Biogeochemical properties of a tropical swamp forest ecosystem of southern Thailand. Limnology, 3:51-59.
- Nakagawa, F., N. Yoshida, A. Sugimoto, E. Wada, T. Yoshioka, S. Ueda, P. Vijarnsorn. 2002. Stable isotope and radiocarbon compositions of methane emitted from tropical rice paddies and swamps in Southern Thailand, Biogeochemistry, 61:1-19.
- Lee, J.-Y., T. Yoshioka, and T. Hanazato. 2002. Faunal trophic interaction in an oligotrophic-dystrophic lake (Shirakoma-ike, Japan). Limnology, 3:151-158.
- Yoshioka, T., S. Ueda, T. Khodzher, N. Bashenkhaeva, I. Korovyakava, L. Sorokovikova, and L. Gorbunova. 2002. Distribution of dissolved organic carbon in Lake Baikal and its watershed. Limnology, 3:159-168.
- Anawar, H. M., K. Komaki, J. Akai, J. Takada, T. Ishizuka, T. Takahashi, Yoshioka, T., Kato, K. 2002. Diagenetic control on arsenic partitioning in sediments of the Meghna River delta, Bangladesh. Environmental Geology, 41:816-825.
- T. Yoshioka, J.-y. Lee, H. A. Takahashi and S.-J. Kang. 2001. Palaeoenvironment in Dae-Am San high moor in the Korean Peninsula. Radiocarbon, 43:555-559.
- Ueda, S., C.-S. Go, T. Yoshioka, N. Yoshida, E. Wada, T. Miyajima, A. Sugimoto, N. Boontanon, P. Vijarnsorn and S. Boonprakub. 2000. Dynamics of dissolved O2, CO2, CH4, and N2O in a tropical coastal swamp in southern Thailand. Biogeochemistry, 49:191-215.
- Anawar, H. M., S. Safiullah and T. Yoshioka. 2000. Environmental exposure assessment of chromium and other tannery pollutants at Hazaribagh area, Dhaka, Bangladesh, and health risk. Journal of Environmental Chemistry, 10:549-556.
- Yoshii, K., N. G. Melnik, O. A. Timoshkin, N. A. Bondarenko, P. N. Anoshko, T. Yoshioka and E. Wada. 1999. Stable isotope analyses of the pelagic food web in Lake Baikal. Limnology and Oceanography, 44:502-511.
- Kohzu, A., T. Yoshioka, T. Ando, M. Takahashi, K. Koba and E. Wada. 1999. Natural 13C and 15N abundance of field-collected fungi and their ecological implications. New Phytology, 144:323-330.
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- Yoshioka, T., M. Takahashi, and Y. Saijo. 1985. Active nitrification in the hypolimnion of Lake Kizaki in early summer, 1. Nitrifying activity of rapidly sinking particles. Archiv für Hydrobiologie 104(4):557-570.
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- Yamanaka, T., T. Yoshioka, and K. Kimura. 1981. Purification of sulphite cytocrome c reductase of Thiobacillus novellus and reconstitution of its sulphite oxidase system with the purified constituents. Plant and Cell Physiology, 22(4):631-622.
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| 原著論文II（日本語） |
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- 石原正恵・今西亜友美・阪口翔太・福澤加里部・向昌宏・吉岡崇仁（2012）芦生研究林におけるシカ排除柵によるススキ群落の回復過程、森林研究、78:39-57.
- 福﨑康司・内藤佳奈子・吉岡崇仁・澤山茂樹・今井一郎、2011、腐植物質が有害ラフィド藻Chattonella antiquaの増殖に与える影響、北海道大学水産科学研究彙報、61:23-28.（査読なし）
- 石原正恵・吉岡崇仁ほか（35人中34人）（2010）モニタリングサイト1000森林・草原調査コアサイト・準コアサイトの毎木調査データの概要、日本生態学会誌、60: 111-123.
- 永田素彦・吉岡崇仁・大川智船 (Nagata, M., T. Yoshioka and C. Okawa.)、2010、流域環境の多様な属性に対する住民の選好評価のためのシナリオアンケート手法の開発：北海道朱鞠内湖集水域をフィールドに (Development of scenario questionnaire estimating people’s preferences on various attributes of watershed environment: a case study in the Lake Shumarina watershed, Hokkaido, Japan.)、実験社会心理学研究、49:170-179. The Japanese Journal of Experimental Social Psychology, 49:170-179 (in Japanese).
- 佐々木尚子・吉岡崇仁･小川安紀子・勝山正則・日野修次・高原 光、2010、鉛-210・セシウム-137法による年代測定ならびに花粉分析に基づく朱鞠内湖集水域における過去50年間の植生復元 （A 50-year vegetation reconstruction for the Lake Shumarinai watershed, Hokkaido, Japan based on Pb-210 and Cs-137 dating and pollen analysis）、日本花粉学会会誌、56:31−43 (in Japanese with English abstract).
- 吉岡崇仁・Mostofa, K. M. G.、2010、琵琶湖およびバイカル湖とその集水域における溶存有機物の動態 （Dynamics of dissolved organic matter in Lake Biwa, Lake Baikal and their watersheds）、Huminc Substances Research（日本腐植物質学会誌）、7:5-14 (in Japanese with English abstract).
- 松川太一・吉岡崇仁・鄭 躍軍 (Matsukawa, T., T. Yoshioka and Y.-J. Zheng.)、2009、森林−農地−水系に関する関心事調査 (Sample survey on interest in watershed environment.)、社会と調査、No.3:59-64. Advances in Social Research, 3:59-64 (in Japanese).
- 藤平和俊・大須賀公一・吉岡崇仁・林 直樹 (Fujihira, K., K. Osuka, T. Yoshioka and N. Hayashi.)、2008、制御理論を応用した持続可能な開発のための教育の方法論とその有効性の確認 (An Educational Methodology for Sustainable Development Applying Control Theory and Confirming its Validity.)、環境教育、18(1):17-28. Environmental Education, 18:17-28 (in Japanese).
- 木平英一・新藤純子・吉岡崇仁・戸田任重 (E. Konohira, J. Shindo, T. Yoshioka and H. Toda.)、2006、わが国の渓流水質の広域調査 (Stream water chemistry in Japan). 、日本水文科学会誌、36:145-149. Journal of Japanses Association of Hydrological Sciences, 36:145-149 (in Japanese with English abstract).
- 若松孝志・木平英一・新藤純子・吉岡崇仁・岡本勝男・板谷明美・金?植 (T. Wakamatsu, E. Konohira, J. Shindo, T. Yoshioka, K. Okamoto, A. Itaya, M.-S. Kim.)、2006、わが国における渓流水のリン酸態リン濃度とその規定要因、 2006. Dissolved inorganic phosphate concentration in stream water in Japan and factors controlling the concentration. 、水環境学会誌、29:679-686. Journal of Japan Society on Water Environment, 29:679-686 (in Japanese with English abstract).
- 吉岡崇仁・舘野隆之輔・楊宗興 (Yoshioka, T., R. Tateno and M. Yoh.)、2006、集水域研究におけるシミュレーションモデルへの期待（Prospects of simulation models in watershed studies）、陸水学雑誌67:231-234.（with English abstract）
- 柴田英昭・大手信人・佐藤冬樹・吉岡崇仁 (Shibata, H., N. Ohte, F. Sato and T. Yoshioka.)、2006、森林生態系の生物地球化学モデル：PnETモデルの適用と課題（Biogeochemical model in forest ecosystem: Application and problem of PnET model）、陸水学雑誌、67:235-244. Japanese Journal of Limnology, 67:235-244 (with English abstract).
- 新藤純子・木平英一・吉岡崇仁・岡本勝男・川島博之 (Shindo, J., E. Konohira, T. Yoshioka, K. Okamoto and H. Kawashima)、2005、我が国の窒素負荷量分布と全国渓流水水質の推定 (Nationwide estimation of nitrogen load and nitrogen concentration in natural stream water)、環境科学会誌 (Environmental Science)、18:455-463 (in Japanese with English abstract).
- 斉藤友則、木庭啓介、酒井徹朗、亀田佳代子、吉岡崇仁、2002、コンジョイント分析を用いた野生動物問題に対する仮想的対策事前評価－滋賀県琵琶湖におけるカワウ問題を事例として－ (Evaluation of model plans for a wildlife issue by conjoint analysis: the case study of wildlife issue of great cormorant in Lake Biwa.)、日本評価学会誌 (The Japanese Journal of Evaluation Studies), 2:79-90.（in Japanese with English abstract）
- 吉岡崇仁、2000、地球環境変化に対する陸水の応答−集水域研究の重要性−、陸水学雑誌 61(1):95-100.
- 山田佳裕・吉岡崇仁、1999、水域生態系における安定同位体解析、日本生態学会誌 49(1):39-45.
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| その他の論文、総説等 |
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- 勝山正則・舘野隆之輔・吉岡崇仁、2010、森林流域環境と人間社会のつながりの理解にむけて、森林科学（Shinrin-Kagaku）、58:25-26.
- 吉岡崇仁、2010、［書評］日本陸水学会東海支部会編、身近な水の環境科学−源流から干潟まで− 朝倉書店 2010年1月 168p. 2,730円（税込） ISBN：978-4254180237、陸水学雑誌、71:83-84.
- 舘野隆之輔・吉岡崇仁、2006、流域環境の質と人々の環境意識の関係を明らかにする試み（Approach to elucidate the relationship between environmental qualities and people’s environmental consciousness）、森林科学（Shinrin-Kagaku）、47:70-72.
- 吉岡崇仁、2004、森林集水域の機能 (Functions of forest watershed.)、水環境学会誌 (Journal of Japan Society on Water Environmental)、27(9):567.
- 楊宗興、吉岡崇仁ほか39名、2003、集水域の生物地球化学：その意義と展望、陸水学雑誌、64:49-79.
- 吉岡崇仁、2003、地球環境変化のもとでの流域研究、陸水学雑誌、64:203-207.
- 吉岡崇仁、2002、日本陸水学会第66回大会課題講演「集水域の生物地球化学」報告、陸水学雑誌、63(1):96-97.
- 吉岡崇仁、2002、環境の評価に対する自然科学の役割−環境研究における自然科学と人文・社会学の融合への提言、岩波「科学」72(9):940-947.
- 吉岡崇仁、2001、三次元蛍光測定による溶存有機物の識別、琵琶湖研究所所報第18号、49-53.
- 吉岡崇仁、2000、安定同位体比による食物連鎖の解析、水、42(6):22-28.
- 花里孝幸・吉岡崇仁、2000、陸水学における温暖化研究の現状と展開、陸水学雑誌、61(1):21-23.
- 吉岡崇仁・花里孝幸、1999、地球温暖化と陸水環境−温暖化は陸水環境をどう変えるか−、陸水学雑誌、60(1):101-103.
- 吉岡崇仁、1997、有機物の一次生産と分解過程における安定同位体比の変動、水環境学会誌 20(5)：292-295.
- 吉岡崇仁・李在鎔・日野修次、1997、貧栄養湖の物質循環物質循環に対する陸起源有機物の影響、陸水学雑誌、58(1):91-93.
- 吉岡崇仁、1997、ＴＬ＝１の同位体比、月刊海洋、29(7)：408-412.
- 吉岡崇仁、1996、陸水環境における地球環境変動の記録−地域的強制・物質循環による変質−、陸水学雑誌（Jpn. J. Limnol.）57(1):62-64.
- 吉岡崇仁・上田眞吾、1996、同位体・溶存成分の動態から見た熱帯湿地の物質循環、陸水学雑誌（Jpn. J. Limnol.）57(1):85-87.
- 吉岡崇仁、1996、生態学における現場観測とその意義、水環境学会誌 19(8)：621-625.
- 吉岡崇仁、1990、安定同位体比による湖沼生態系の解析、Isotope News ３月号、p. 2-5.
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| 著書 |
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- 日本陸水学会編、村上哲生・花里孝幸・吉岡崇仁・森和紀・小倉紀雄監修（2011）『川と湖を見る・知る・探る 陸水学入門』、2011、東京、pp.193. ISBN978-4-8052-0838-0.
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- 吉岡崇仁（2011）「窒素安定同位体が明らかにした富栄養化の歴史」、『川と湖を見る・知る・探る 陸水学入門』、日本陸水学会編、村上哲生・花里孝幸・吉岡崇仁・森和紀・小倉紀雄監修、地人書館、東京、p.96-97.
- 久米篤・小池孝良・笹賀一郎・八巻一成・中田圭亮・芝野博文・生方正俊・吉岡崇仁編（2011）北方森林学会編、『北海道の森林』、北海道新聞社、札幌、pp.319
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- 南川雅男・吉岡崇仁編著、2006、地球化学講座5 「生物地球化学」、日本地球化学会監修、培風館、東京、pp.213.
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- 吉岡崇仁、2006、第6章生物地球化学の今後に向けて、地球化学講座5「生物地 球化学」 南川雅男・吉岡崇仁編著、日本地球化学会監修、培風館、東 京、p.201-208.
- 吉岡崇仁、2006、水圏生態系の安定同位体解析、環境循環系診断のための同位体トレーサー技術、山中 勤 (編) 、筑波大学陸域環境研究センター電子モノグラフNo.2、p.28-38.
- 大手信人・川崎雅俊・木平英一・吉岡崇仁、2006、森林から河川への炭素と窒素の流出、地球環境と生態系−陸域生態系の科学、武田博清・占部城太郎編著、共立出版、p.138-155.
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- 吉岡崇仁、2006、亜寒帯湖2、亜熱帯湖5、安定同位体9、アンモニア化11、硫黄同位体比13、異化型硝酸還元13、温帯湖51、環境同位体96、寒帯湖103、酸素循環187、酸素同位体比187、水素同位体比246、炭酸脱水酵素307、炭素同位体比312、地球の温暖化321、窒素同位体比326、トレーサー363、熱帯湖375、放射性同位体（放射性トレーサー）437.、陸水の事典、日本陸水学会編、講談社サイエンティフィク、578pp.、ページ数は、各項目の後の数字で示した。
- 吉岡崇仁、2003、人文環境学 Humane environmentology、生態学事典、巌佐庸・松本忠夫・菊沢喜八郎・日本生態学会編、共立出版、東京、p.280.
- Yoshioka, T. 2001. Stable isotope studies. In “Lake Kizaki, limnology and ecology of a Japanese lake” Saijo, Y. and Hayashi, H. eds., Backhyus Publisher, Leiden, The Netherlands p.173-181.
- Yoshioka, T. 2001. Influence of radiation on nitrification. In “Lake Kizaki, limnology and ecology of a Japanese lake” Saijo, Y. and Hayashi, H. eds., Backhyus Publisher, Leiden, The Netherlands p.199-206.
- Hayashi, H. and Yoshioka, T. 2001. Chlorophyll a and primary production. In “Lake Kizaki, limnology and ecology of a Japanese lake” Saijo, Y. and Hayashi, H. eds., Backhyus Publisher, Leiden, The Netherlands p. 248-253.
- 吉岡崇仁、2000、安定同位体生態学、「水と生命の生態学」ブルーバックスB1308、日高敏隆編、講談社、東京、p.176-187.
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- Yoshioka, T. 1999. Current technology in limnology (1) Stable isotope ecology. In Limnology –The Textbook for the Ninth IHP Training Course in 1999-. Terai, H. ed., Institute for Hydrospheric-Atmospheric Sciences, Nagoya University and United Nations Educational Scientific and Cultural Organization, p. 241, p.35-51.
- 吉岡崇仁、1994、生態物質循環系における安定同位体の分布、「微生物の生態 19巻 」、学会出版センター、p.139-160.
- Yoshioka, T, and N. Sekiyama. 1994. Biochemical composition of freshwater plankton. In "Estimation of water and overland ecological system - Ecological problems of the Baikal region" Kozova, O. M. and Bokova, I. K., Nauka (eds.), Novosibirsk p.51-57.
- 渡辺秦徳・大槻晃・花里孝幸・吉岡崇仁・工藤栄、1993、二酸化炭素処理による植物プランクトン群集の変化、「メソコスム 湖沼生態系の解析」、西條八束・坂本充編著、名古屋大学出版会、p.125-145.
- 林秀剛・吉岡崇仁・和田英太郎・花里孝幸・安田郁子・山本鎔子・平林公男・森正幸・市川忠史・高橋和志・小野知樹・松原尚人・菅野徳彦、1993、ワカサギ投入の生物群集への影響、「メソコスム 湖沼生態系の解析」、西條八束・坂本充編著、名古屋大学出版会、p.237-256.
- 吉岡崇仁・和田英太郎・林秀剛・竹内勝巳・高橋和志、1993、炭素・窒素安定同位体比からみた物質循環と食物網、「メソコスム 湖沼生態系の解析」、西條八束・坂本充編著、名古屋大学出版会、p.271-286.
- 吉岡崇仁、1992、物静かな湖の語り部、「川と湖と生き物」、林秀剛・宇和紘・沖野外輝夫編著、信濃毎日新聞社、p.199-215.
- 林秀剛・吉岡崇仁、1992、水をめぐる地域の動きと地球環境、「川と湖と生き物」、林秀剛・宇和紘・沖野外輝夫編著、信濃毎日新聞社、p.237-254.
- 和田英太郎・杉本敦子・吉岡崇仁、1992、水と生物、「 水の惑星”地球”地球環境セミナーシリーズ４巻」、寺本俊彦編著、オーム社、p.114-123.
- 吉岡崇仁、1988、 9. 細菌のＩＤカードとは？抗原と抗体の話 、「小事典・微生物の手帖”83 の謎をさぐる」、ブルーバックスB-740、エコ・ミクロ編、講談社、p.32-35.
- 吉岡崇仁、1988、10. 蛍光抗体法をどう利用する？海や湖の細菌の動きをさぐる、「小事典・微生物の手帖”83 の謎をさぐる」、ブルーバックスB-740、エコ・ミクロ編、講談社、p.35-38.
- 加藤憲二・吉岡崇仁、1983、水圏における微生物の分布と機能 、「微生物による環境制御・管理技術マニュアル 環境微生物と下・排水・廃棄物処理有効利用技術の基礎と応用」、微生物による環境制御・管理技術マニュアル編集委員会編、環境技術研究会、p.51-57.
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| 報告書 |
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- 吉岡崇仁（2012）木文化由良川プロジェクトの全体構想概算要求事業「森里海連環学による地域循環木文化社会創出事業（木文化プロジェクト）」2011年度報告書、p.78-89.
- Katsuyuki Ishii, Keitaro Fukushima and Takahito Yoshioka（2012）Comparative effects of deer grazing on soil C and N dynamics in grassland and forest ecosystems in Ashiu, Japan. 概算要求事業「森里海連環学による地域循環木文化社会創出事業（木文化プロジェクト）」2011年度報告書、p.98-114.
- 福島慶太郎・岩井有加・橋本智之・境優・西岡裕平・長谷川敦史・藤井弘明・徳地直子・吉岡崇仁・高柳 敦（2012）芦生冷温帯天然林における大規模シカ防除柵設置 5 年後の生態系機能の回復過程とそのメカニズムに関する研究、概算要求事業「森里海連環学による地域循環木文化社会創出事業（木文化プロジェクト）」2011年度報告書、p.115-139.
- 吉岡崇仁（2012）第14回京都大学大学院農学研究科・フィールド科学教育研究センター技術職員研究集会の開催にあたって、第14回京都大学大学院農学研究科・フィールド科学教育研究センター技術職員研究集会報告書、p.i.
- 吉岡崇仁（2012）流域環境における人間・自然相互作用系の研究−フィールド科学教育研究センターが目指す森里海連環学−、第14回京都大学大学院農学研究科・フィールド科学教育研究センター技術職員研究集会報告書、p.3-13.
- 吉岡崇仁（2011）木文化由良川プロジェクト2010年度の進捗状況、概算要求事業「森里海連環学による地域循環木文化社会創出事業（木文化プロジェクト）」2010年度報告書、p.71-76.
- 石原正恵・今西亜友美・阪口翔太・福澤加里部・向 昌宏・吉岡崇仁（2011）芦生研究林におけるシカ排除柵によるススキ群落の回復過程、概算要求事業「森里海連環学による地域循環木文化社会創出事業（木文化プロジェクト）」2010年度報告書、p.83-103.
- 福島慶太郎・石原正恵・吉岡崇仁・長谷川尚史・藤井弘明・西岡・長谷川敦史・小嶋宏和・淺野善和（2011）芦生研究林下谷流域におけるスギ人工林の商業伐採が植生−土壌−渓流間の養分動態に与える影響、概算要求事業「森里海連環学による
- 地域循環木文化社会創出事業（木文化プロジェクト）」2010年度報告書、p.104-112.
- 吉岡崇仁・福島慶太郎・向 昌宏・山下 洋・上野正博・福﨑康司・大槻あずさ・渡辺謙太（2011）由良川流域における鉄と有機物の分布と挙動、概算要求事業「森里海連環学による地域循環木文化社会創出事業（木文化プロジェクト）」2010年度報告書、p.126-136.
福島慶太郎・吉岡崇仁・福﨑康司・上野正博・大槻あずさ（2011）由良川中流域に位置する大野ダム湖内での水質変化、概算要求事業「森里海連環学による地域循環木文化社会創出事業（木文化プロジェクト）」2010年度報告書、p.137-146.
- 大川智船・佐藤真行・吉岡崇仁（2011）由良川・仁淀川流域の森林利用に関する住民意識、概算要求事業「森里海連環学による地域循環木文化社会創出事業（木文化プロジェクト）」2010年度報告書、p.240-278.
- 吉岡崇仁（2010）木文化由良川プロジェクトの全体構想と2009年度の進捗状況、概算要求事業「森里海連環学による地域循環木文化社会創出事業（木文化プロジェクト）」2009年度報告書、p.3-9.
- 河本晴恵・大槻あずさ・吉岡崇仁・徳地直子・向 昌宏・福島慶太郎・今西亜友美・谷尾陽一・白澤紘明・堤 直人・相本道宏（2010）溶存有機物と溶存鉄の分布、概算要求事業「森里海連環学による地域循環木文化社会創出事業（木文化プロジェクト）」2009年度報告書、p.17-32.
- 福島慶太郎・吉岡崇仁・徳地直子・向 昌宏（2010）由良川流域における人工林施業が山地渓流水質に与える影響、概算要求事業「森里海連環学による地域循環木文化社会創出事業（木文化プロジェクト）」2009年度報告書、p.33-37.
- 吉岡崇仁 2009. シカをまもること 植生を守ること 京都大学フィールド科学教育研究センター・生態学研究センター、2009年2月27日、第5回時計台対話集会講演録「森里海のつながりを生物多様性から考える」 p.34-39.
- 吉岡崇仁 2008. 森林流域環境を対象とした自然科学・人文社会科学研究 第3回「アジアにおける分野横断型の地域・環境情報ネットワーク構築による研究推進事業」（仮称）研究会報告書、大学共同利用機関法人人間文化研究機構総合地球環境学研究所研究推進戦略センター編、2008年3月31日 p.15、p.62-67.
- 総合地球環境学研究所 研究プロジェクト「流域環境の質と環境意識の関係解明」（環境意識プロジェクト）編 2008. 環境についての関心事調査（Survey on Interest in Watershed Environment） 総合地球環境学研究所 研究プロジェクト「流域環境の質と環境意識の関係解明」（環境意識プロジェクト）編 pp.120.
- 総合地球環境学研究所 研究プロジェクト「流域環境の質と環境意識の関係解明」（環境意識プロジェクト）編 2008. 次世代に向けた森林の利用に関する意識調査（Survey on Forest Management for the Next Generation） 総合地球環境学研究所 研究プロジェクト「流域環境の質と環境意識の関係解明」（環境意識プロジェクト）編 pp.84.
- 総合地球環境学研究所 研究プロジェクト「流域環境の質と環境意識の関係解明」（環境意識プロジェクト）編 2008. 森、川、湖の環境に関する意識調査（Survey on Impact Scenario Valuation of Watershed Environment）、2008年3月 総合地球環境学研究所 研究プロジェクト「流域環境の質と環境意識の関係解明」（環境意識プロジェクト）編 pp.220
- 吉岡崇仁 2006. 流域環境の質と環境意識の関係解明−土地・水資源利用に伴う環境変化を契機として− 5-2プロジェクト中間報告書、2006年3月 pp.168.
- T. Yoshioka 2006. Interactions between the environmental quality of a watershed and the environmental consciousness: With reference to environmental changes caused by the human use of land and water resources. Interim report of project 5-2, March 2006 pp.139.
- 若松孝志・木平英一・新藤純子・吉岡崇仁 2006. 我が国における渓流水のリン濃度の実体とその規定要因 財団法人電力中央研究所環境科学研究所Environmental Science Research Laboratory Rep. No. V05034 pp.13.
- 吉岡崇仁 2006. 渓流水質形成メカニズムのモデル化による森林の環境影響評価法の構築 平成15-17年度文部省科学研究費補助金（基盤研究(B) (2)、No. 15310029）成果報告書、2006、3月 pp.91.
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- 吉岡崇仁 2002. 陸水系における物質循環からみた陸域生態系の応答：活動概要 平成13年度文部省科学研究費補助金（特定領域研究（B））、「陸域生態系の地球環境変化に対する応答の研究」成果報告書（領域代表者和田英太郎）、2002、3月 p.26-27.
- 吉岡崇仁他 2002. 陸水系における物質循環からみた陸域生態系の応答 平成13年度文部省科学研究費補助金（特定領域研究（B））、「陸域生態系の地球環境変化に対する応答の研究」成果報告書（領域代表者和田英太郎）、2002、3月 p.180-199.
- 吉岡崇仁、 2002. 陸水系における物質循環からみた陸域生態系の応答：活動概要 平成13年度文部省科学研究費補助金（特定領域研究（B））、「陸域生態系の地球環境変化に対する応答の研究」外部評価報告書（領域代表者和田英太郎）、2002、3月 p.57-60.
- 吉岡崇仁・Khan, G. Mostofa・伊藤良香・勝山正則 2001. 溶存有機物の三次元蛍光分析・解析方法の検討 琵琶湖研究所委託研究報告書、溶存有機物の動態（代表者和田英太郎）、2001年3月 p.2-7.
- 木平英一・M. G. M. Khan・吉岡崇仁 2001. 河川の流下方向に沿った溶存有機炭素濃度と蛍光強度の変化 琵琶湖研究所委託研究報告書、溶存有機物の動態（代表者和田英太郎）、2001年3月 p.15-31.
- 吉岡崇仁・木平英一・伊藤良香・M. Khan・早川和秀・高橋幹夫・Boontanon, Narin・上田孝明 2001. 琵琶湖および主な流入河川における溶存有機物の季節変化 琵琶湖研究所委託研究報告書、溶存有機物の動態（代表者和田英太郎）、2001年3月 p.32-40.
- Mostofa, K. G. M.・吉岡崇仁・田上英一郎 2001. 光分解による溶存有機物の変質（光分解実験） 琵琶湖研究所委託研究報告書、溶存有機物の動態（代表者和田英太郎）、2001年3月 p. 41-48.
- 吉岡崇仁・伊藤良香・大手信人 2001. 溶存有機物の炭素安定同位体組成（δ13Ｃ 値） 琵琶湖研究所委託研究報告書、溶存有機物の動態（代表者和田英太郎）、2001年3月 p. 49-53.
- 田上英一郎・Wu. Fengchag・木平英一・吉岡崇仁 2001. 琵琶湖湖水中の溶存有機物と銅イオン親和性溶存態有機配位子の分子量と蛍光特性 琵琶湖研究所委託研究報告書、溶存有機物の動態（代表者和田英太郎）、2001年3月 p. 75-94.
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- 吉岡崇仁・上田眞吾・T. Khodzher, O. Timoshkin, N. Bashenkhaeva, I. Tomberg, L. Gorbunova, I. Khanaev and A. Zhdanov. 2000. バイカル湖における溶存有機物の動態−集水域と湖の関係− 日本BICER協議会年報1999年度、日本BICER協議会(JABIRP) p.59-63.
- 吉岡崇仁・田上英一郎・大田啓一・増澤敏行・木平英一・西田民人・徳地直子・中西麻美・木庭啓介 1999. 森林−湖沼インターフェイスにおける物質循環：活動概要 平成10年度文部省国際共同研究経費、大学等における地球圏−生物圏国際協同研究計画（後期）「陸域生態系の地球環境変化に対する応答」成果報告書（代表者和田英太郎）、1999年3月 p.92-95.
- 吉岡崇仁・田上英一郎・大田啓一・木平英一・中西麻美 1999. 森林物質循環過程の指標としての溶存有機物蛍光特性の把握 平成10年度文部省国際共同研究経費、大学等における地球圏−生物圏国際協同研究計画（後期）「陸域生態系の地球環境変化に対する応答」成果報告書（代表者和田英太郎）、1999年3月 p.96-111.
- 木平英一・吉岡崇仁・増澤敏行・田上英一郎・大田啓一 1999. 渓流水中のDOC濃度とNO3−濃度 平成10年度文部省国際共同研究経費、大学等における地球圏−生物圏国際協同研究計画（後期）「陸域生態系の地球環境変化に対する応答」成果報告書（代表者和田英太郎）、1999年3月 p.112-120.
- Yoshioka, T., S. Ueda, T. Khodzher, O. Timoshkin, N. Bashenkhaeva, I. Tomberg, L. Gorbunova, I. Khanaev and A. Zhdanov. 1999. Dissolved organic matter in Lake Baikal and its watershed: A possible tool for studying the interaction between terrestrial and freshwater environments. Report of International Scientific Research Program (No. 09041159) on “Response of land ecosystem to global environmental changes” (Leader: E. Wada) p.16-27.
- Ueda, S., T. Yoshioka, C.-S. U. Go, E. Wada. T. Khodzher, L. Gorbunova, A. Zhdanov, K. Igor, N. Bashenkhaeva and I. Tomberg. 1999. Nitrogen and oxygen isotope ratios of N2O in Lake Baikal. Report of International Scientific Research Program (No. 09041159) on “Response of land ecosystem to global environmental changes” (Leader: E. Wada) p.28-35.
- 吉岡崇仁・田上英一郎・大田啓一・木平英一 1999. 溶存有機物の蛍光特性による起源の推定について 琵琶湖研究所委託研究報告書、溶存有機物の動態（代表者和田英太郎）、1999年3月 p.30-41.
- 吉岡崇仁 1998. 陸水生態系の溶存無機態・有機態炭素の炭素同位体組成 平成8-9年度科学研究費補助金（基盤研究Ｂ）研究成果報告書「一酸化二窒素とメタンの地球化学的循環の高感度同位体測定による解析」（代表吉田尚弘）、課題番号08454164 平成10年3月 p.17-18.
- 吉岡崇仁 1998. 植物プランクトンによる炭素同位体分別と炭素濃縮機構 平成9年度科学研究費補助金（基盤研究Ｃ）研究成果報告書「バイオマーカー分子の同位体組成による過去の気候変動解読に関する研究」（代表者南川雅男）、課題番号09894015 平成10年7月 p. 12-20.
- 吉岡崇仁・李在鎔・青木浩・康祥俊 1998. 韓国大岩山（デアムサン）高層湿原の環境変遷 タンデトロン加速器質量分析計による14C測定の研究成果報告書（IX）、1998年3月 p.179-192.
- 吉岡崇仁 他、 1998. 琵琶湖集水域生態系研究グループ 森林生態系と陸水生態系の相互作用：活動概要 平成9年度文部省国際共同研究経費、大学等における地球圏−生物圏国際協同研究計画（後期）「陸域生態系の地球環境変化に対する応答」成果報告書（代表者和田英太郎）、1998年3月 p.47-61.
- 吉岡崇仁 1997. 不均一系微小粒子の生物活性測定システムの開発 平成6-8年度科学研究費補助金（基盤研究Ｂ（１））研究成果報告書、課題番号06554036 平成9年3月 pp.47.
- 吉岡崇仁 1995. 水圏の炭素・窒素循環の駆動に果たす微生物食物連鎖の役割 平成5-6年度科学研究費補助金（一般研究Ｂ）研究成果報告書、 課題番号05454603 平成7年3月 pp.54.
- T. Yoshioka, S. Ueda, and T. Miyajima 1994. Methane metabolism in tropical swamp ecosystems in southern Thailand. Researches related to the UNESCO's Man and the Biosphere Programme in Japan, 1993-1994, Japanese Coordinating Committee for MAB. p.13-20.
- 岡岳志・吉岡崇仁・林秀剛 1994. 動物プランクトンの生化学成分と食物環境 生物の適応現象に関する環境・細胞生物学的研究、平成5年度文部省特定研究報告書、信州大学理学部生物学教室 p.63-74.
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| 雑文 |
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- 舘野隆之輔・勝山正則・吉岡崇仁 2009. 森林流域環境と人間社会のつながりの理解に向けて 森林技術、No.806、日本森林技術協会. p.26-27.
- 吉岡崇仁 2006. 地球研京都発『風景と環境−皆さんの「物語り」を聞かせて下さい−思い出の違いが生む関心の差』 毎日新聞京都版2006年9月23日
- 和田英太郎・吉岡崇仁 2002. 国際部報告 日本BICER協議会年報2001年度、日本BICER協議会(JABIRP) p.3-8.
- 吉岡崇仁 2001. JABIRP国際部2000年度報告 日本BICER協議会年報2000年度、日本BICER協議会(JABIRP) p.3.
- 吉岡崇仁 2000. JABIRP将来構想検討委員会1999年度報告 日本BICER協議会年報1999年度、日本BICER協議会(JABIRP) p.11-13.
- 吉岡崇仁 1999. 炭素循環を軸とした陸域生態系の研究 研究室を訪ねて2、エコフロンティアNo.2 p.14-15.
- 吉岡崇仁・中井克樹 1999. JABIRP将来構想検討会報告 日本BICER協議会年報1998年度、日本BICER協議会(JABIRP) p.7-9.
- 吉岡崇仁 1998. JABIRP将来構想検討委員会報告 日本BICER協議会年報1997年度、日本BICER協議会(JABIRP) p.17-20.
- 吉岡崇仁 1998. IGBP-MESSC陸域生態系の地球環境変化に対する応答 地球環境研究ニュース-IGBP・IHDP・WCRP、環境情報科学27-3 p.69
- 吉岡崇仁 1997. 1996年度将来構想検討委員会報告 日本BICER協議会年報1996年度、日本BICER協議会(JABIRP) p. 14-15.
- 吉岡崇仁 1996. バイカル湖集水域における物質循環の解析 日本BICER協議会年報1995年度、日本BICER協議会(JABIRP) p. 26-28.
- 吉岡崇仁 1995. 編集担当者より 陸水通信第６号
- 吉岡崇仁 1994. 将来構想検討会 (940425)の報告 日本BICER協議会年報1993年度、日本BICER協議会(JABIRP) p.7-10.
- 吉岡崇仁 1994. バイカル湖の研究 - ’94年7月の調査から 大学等における地球圏-生物圏国際共同研究計画(IGBP-MESC)ニュースレター No. 7, p. 10-14.
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| 授賞 |
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- 日本腐植物質学会ポスター賞、2011/11/17、日本腐植物質学会第27回講演会（金沢）福﨑康司「海洋植物プランクトンの産生する溶存有機物の光学的特性」
（共著者：吉岡崇仁・今井一郎（北大水産学部））
- 日本陸水学会ポスター賞、2012/9/16、第77回日本陸水学会大会（名古屋）大槻あずさ「由良川流域における溶存有機物の蛍光特性」（共著者：・福﨑康司・鈴木伸弥・福島慶太郎・吉岡崇仁）
- 日本生態学会ポスター賞優秀賞、2012/3/20、第59回日本生態学会・第5回東アジア生態学会 (EAFES5) 連合大会（大津）Ishii Katsuyuki「Soil carbon and nitrogen dynamics changes associated with vegetation recovery in a deer exclosure at intensively grazed Miscanthus sinensis grassland」（Co-authors: K. Fukushima, M. Ishihara, T. Yoshioka）
- 日本地球惑星科学連合2010年大会「陸域の生物地球化学」セッション、最優秀ポスター賞、2010年5月26日、福島慶太郎「由良川流下過程に伴う溶存有機物および溶存鉄の濃度変化」（共著者：大槻あずさ・河本晴恵・吉岡崇仁・德地直子・今西亜友美・向昌宏・谷尾陽一・白澤紘明）
- 第2回日本陸水学会ポスター賞、優秀ポスター賞、2009年9月16日、第74回大会（大分）谷尾陽一「二つの森林流域における渓流内での栄養塩の取り込み」（共著者：大手信人・藤本将光・吉岡崇仁）
- 第5回日本陸水学会賞（吉村賞）2003/9/14、Lee J.-Y. 2002. Faunal trophic interaction in an oligotrophic-dystrophic lake (Shirakoma-ike, Japan). Limnology, 3:151-158.
（共著者：T. Yoshioka and T. Hanazato）
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| その他 |
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- 平成22年度「みどりの案内人」養成プロジェクト特別講座第2回、2010、「森・里・海と人びとのつながり」、（10/3、徳山試験地、山口県周南市）
- 京都大学・神戸大学合同市民公開講座、2009、「海洋・河川における化学物質の管理」 パネル・ディスカッション、（3/14、メルパルク京都）
- 京都大学・別寒辺牛川地域連携講座「森と海をつなぐ川の環境をどう守るか」、2009、「川の環境を守るためにどうするか」 パネル・ディスカッション、（11/21、北海道川上郡標茶町）
- 「芦生生物相保全プロジェクト・PRO NATURA FUND公開中間報告会」、2009、コメンテータ、（12/13、京都大学・芝蘭会館別館2F研修室）
- 第6回時計台対話集会「木文化創出～森里海連環学がひらく未来社会～」、2009、「由良川における木文化プロジェクト」報告及びパネル・ディスカッション、（12/19、京都大学区百周年時計台記念館百周年記念ホール）
- ANA私の青空 広島空港「アサヒの森」、2008、青空塾「森の価値と意識」、（8/2、広島県庄原市）
- 第5回時計台対話集会「森里海のつながりを生物多様性から考える」、2008、「森里海連環学と芦生研究林におけるシカ食害」 パネル・ディスカッション、（9/28、京都大学区百周年時計台記念館百周年記念ホール）
- ANA私の青空 中部国際空港「めい想の森」、2008、青空塾「次世代に向けた森の利用に関する人々の意識」、（10/18、岐阜県加茂郡八百津町）
- 平成20年度京都大学森林科学公開講座「森が拓く未来」、2008、森林利用に伴う流域環境変化と住民の意識」、（10/25、京都大学農学部）
- 『京都ちゃちゃちゃっ』 KBS京都、2007、「環境の価値」、（7/4）
- ANA私の青空 中部国際空港「めい想の森」、2007、青空塾「次世代に向けた森の利用に関する人々の意識」、（10/20、岐阜県加茂郡八百津町）
- 第10回地球研市民セミナー、2006、「環境の物語り論−環境の質と環境意識−」、（2/3、京都市上京区、新島会館）
- ひらかた環境ネットワーク会議講演会、2005、環境意識と環境の質との関係について−森林-河川-湖沼生態系における物質循環から考える−、（7/31、枚方市民会館）
- 上里町環境シンポジウム、2003、身近な環境遠くの環境、（2/16、埼玉県児玉郡上里町）
- 聖籠町環境シンポジウム、2002、身近な環境遠くの環境、（11/10、新潟県聖籠町）
- 公開講座（テレビ）、1992、物静かな湖の語り部、信州大学公開講座「川と湖と生き物」-多様性と相互作用-
- 公開講座（テレビ）、1992、水をめぐる地域の動きと地球環境、信州大学公開講座「川と湖と生き物」-多様性と相互作用-
- ANA私の青空 広島空港「アサヒの森」、2009、青空塾「森里海の連環」、（8/2、広島県庄原市）
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